Stage génomique au sein de l’UMR PVBMT
Sujet du stage : Délimitation taxonomique et flux de gènes chez les palmistes indigènes de La Réunion
Limite de candidature : 31/10/2024
Contexte du stage
Implantée à La Réunion, l’UMR PVBMT (Unité Mixte de Recherche Peuplements Végétaux et Bioagresseurs en Milieu Tropical) bénéficie de son positionnement dans le point chaud de biodiversité des îles du sud-ouest de l’océan Indien (SOOI), et des infrastructures du pôle de protection des plantes (3P), plateforme de recherche en sciences du vivant d’intérêt national (www.ibisa.net).
L’équipe 2 (Diversité et utilisation durable des ressources génétiques végétales en milieu tropical) est particulièrement impliquée dans des activités de caractérisation de la diversité génétique et des processus évolutifs chez les plantes du SOOI.
De nombreux exemples de radiations adaptatives démontrent la richesse des processus évolutifs qui se déroulent dans les îles du SOOI, menant à des assortiments uniques d’espèces et à de forts taux d’endémisme. A l’instar des autres points chauds de biodiversité, ces écosystèmes ont largement été surexploités, entrainant des disparitions d’espèces et une perte de fonctionnalité. A La Réunion, 41% de la flore vasculaire est ainsi menacée d’extinction d’après la dernière évaluation UICN (2023). Malgré ce constat, les actions raisonnées de conservation et de restauration des écosystèmes restent encore difficiles à mettre en œuvre sur le terrain, à cause d’un manque de connaissances sur la biologie et la génétique des espèces endémiques. Chez plusieurs familles botaniques, la délimitation taxonomique au niveau inter et intra spécifique reste discutée et les unités de conservation sont donc difficiles à définir.
Les palmiers du SOOI, connus pour leur intérêt ornemental, alimentaire et pour l’artisanat sont particulièrement concernés par les menaces anthropiques pré-citées. En particulier, des palmistes de la sous-tribu des Oncospermatinae et du genre Acanthophoenix ont longtemps été braconnés pour leur bourgeon apical consommé localement à l’occasion des repas de fête. Aujourd’hui les populations naturelles sont rares et les actions de conservation sont difficiles à mener en raison des questions qui demeurent sur la structure des populations relictuelles et la délimitation taxonomique de ces espèces.
Objectifs de ce stage en génomique et taxonomie
Dans le cadre de la mise en oeuvre du Plan National d’Actions en faveur des espèces végétales au bord de l’extinction à La Réunion, le projet ACANTOMICS (CBNM, UMR PVBMT, UMR DIADE, DEAL Réunion), lancé en 2022 a pour objectif de clarifier le statut taxonomique des palmiers appartenant au genre Acanthophoenix à La Réunion (A. rousselii, A. crinita, A. rubra) et d’évaluer la structure de la diversité génétique et les flux de gènes qui peuvent exister entre populations.
Pour ce faire, un séquençage génomique complet a d’abord été réalisé chez A. rousselii afin d’obtenir un génome de référence pour le genre Acanthophoenix. Des activités de reséquençage génomique et de séquençage après capture de gènes ont aussi été entreprises chez plusieurs populations et espèces du genre Acanthophoenix.
L’objectif de ce stage est de contribuer à l’analyse des données générées dans le cadre du projet ACANTOMICS. Il s’agira en particulier de :
- déterminer les grandes unités génétiques à conserver au sein du genre Acanthophoenix afin d’orienter de futures actions de conservation ;
- proposer une phylogénie pour ces espèces ;
- caractériser les flux de gènes entre espèces en identifiant des régions génomiques potentiellement introgressées ;
- interpréter les résultats et les confronter aux données de terrain. L’étudiant sera basé à l’UMR PVBMT.
Travaux et responsabilités du stagiaire :
- Finaliser l’analyse bioinformatique des données de reséquençage génomique (mapping, SNP calling and filtering) et de capture génétique (SNP filtering)
- Développer et adapter des scripts d’analyses en génétique des populations (R : packages LEA, adegenet ; plink ; Dsuite…)
- Animer des réunions d’équipe dédiées à l’analyse et la discussion des résultats
- Synthétiser les résultats et formuler des recommandations à destination des acteurs de la conservation de la biodiversité à La Réunion sous la forme d’un rapport écrit
- Participer aux dernières sorties de terrain pour confirmer l’identification taxonomique de certaines accessions
- Participer aux évènements de communication organisées par l’UMR PVBMT.
- Possibilité de contribuer aux activités de biologie moléculaire et de prospection en lien avec le projet
Compétences attendues
- Connaissances approfondies en génétique et génomique des populations
- Aisance dans la manipulation et le traitement des données sous R
- Autonomie et esprit d’initiative
- Aisance dans l’écriture de rapports scientifiques et la communication orale
- Une première expérience dans l’analyse de données NGS sera très appréciée
Conditions du stage et candidature
Pour candidater, envoyer votre CV et lettre de motivation par mail ne cliquant ci-dessous.
Référence de cette offre de stage en génomique à La Réunion : OE-200924-1