Stage à l’Unité INRAE DYNAFOR
Offre de stage Master 2 ou Césure au sein de l’UMR DYNAFOR à Toulouse H/F
Création d’une base nationale de barcodes des abeilles sauvages de France
Durée du Stage : 6 mois à partir de Mars ou Avril 2021
Contexte et objectifs du stage
En écologie, une des problématique centrale est de comprendre comment les interactions entre espèces modulent la biodiversité et structurent les communautés. Les interactions mutualistes plante-polinisateurs occupent une place importante et un des enjeux actuel est d’étudier leurs réponses dans un contexte de fragmentation de paysage et de bouleversements climatiques. La reconstruction de réseaux plantes-pollinisateurs est basée sur l’identification des espèces qui s’appuyait jusqu’à récemment principalement sur des critères morphologiques et les compétences de taxonomistes spécialisés, dont l’expertise se raréfie. De façon complémentaire, depuis les années 2000, les outils de la biologie moléculaire i.e. barcoding/metabarcoding, se sont développés et sont aujourd’hui devenus incontournables pour étudier la biodiversité. Ainsi des projets de barcoding du vivant à l’échelle mondiale ont été initiés comme le Barcode of Life Data System (BOLD).
Le sujet de stage proposé s’inscrit dans un projet de recherche CODABEILLE réunissant plusieurs laboratoires de recherche et associations naturalistes. L’objectif est de construire une librairie nationale exhaustive de codes-barres moléculaires des abeilles sauvages (963 espèces répertoriées en France) et la rendre accessible à l’ensemble des acteurs impliqués dans les études et la conservation des abeilles sauvages.
Déroulement du stage
Ce stage naturaliste se déroulera en 4 étapes :
1/ Inventaire des collections d’abeilles sauvages existantes
Une étape préliminaire sera de recenser l’ensemble des collections existantes sur le territoire pour en dresser l’inventaire. Un fichier de référence unique regroupant l’ensemble des espèces avec n° voucher, origine géographique, année de collecte et méthode de conservation sera constitué.
2/ Recherche des espèces manquantes
La seconde étape sera d’identifier les zones et périodes potentielles de vol des espèces manquantes et organiser des missions de terrain pour les collecter.
3/ Barcoder les espèces non référencées dans les bases mondiales
Le protocole sélectionné pour la mise en place de cette librairie est le protocole standardisé de la plateforme internationale BOLD. L’ADN sera extrait à partir d’un tarse ou d’une patte prélevée sur des spécimens conservés en collection ou nouvellement piégés et envoyé à la plateforme BOLD pour l‘étape de séquençage. Les spécimens seront également étiquetés et photographiés.
4/ Analyse et Validation des séquences par inférence d’arbres phylogénétiques
À la réception des données de séquençage, la personne recrutée, s’assurera que les données sont valides (éventuelles erreurs d’identifications, complexes d’espèces), notamment par l’inférence d’arbres phylogénétiques.
Profil souhaité :
- Autonomie et esprit d’initiative
- Compétences organisationnelles et rigueur pour coordonner l’acquisition des nouveaux barcodes issus des collections existantes et pour préparer les différentes campagnes de collectes sur le terrain.
- Compétence en manipulation de données sous R et Linux éventuellement
- Maitrise de l’anglais
- Intérêt pour les technologies de séquençage haut débit, la taxonomie et l’entomologie
- Mobilité : Permis B
Conditions du stage
Durée du Stage INRAE : 6 mois à partir de Mars ou Avril 2021
Lieu du stage : Unité INRAE DYNAFOR/INP-ENSAT
Dynamiques et Ecologie des Paysages Agriforestiers
Gratification : gratification en vigueur, soit 15% du plafond de la sécurité sociale (3.90€/h) et calculé suivant le nombre de jours travaillés dans le mois.
Candidature
Référence de cette offre de stage environnement à Toulouse : OE-090221-2
Limite de candidature : 15/03/2021
Bibliographie :
Creedy TJ, Norman H, Tang CQ, Qing Chin K, Andujar C, Arribas P, O’Connor RS, Carvell C, Notton DG, Vogler AP. A validated workflow for rapid taxonomic assignment and monitoring of a national fauna of bees (Apiformes) using high throughput DNA barcoding. Mol Ecol Resour. 2020 Jan;20(1):40-53. doi: 10.1111/1755-0998.13056. Epub 2019 Oct 8. PMID: 31290224.
Rougerie R, Lopez-Vaamonde C, Barnouin T, Delnatte J, Moulin N, Noblecourt T, Nusillard B, Parmain G, Soldati F, Bouget C. PASSIFOR: A reference library of DNA barcodes for French saproxylic beetles (Insecta, Coleoptera). Biodivers Data J. 2015 Mar 4;(3):e4078. doi: 10.3897/BDJ.3.e4078. PMID: 25829855; PMCID: PMC4355675.
Litman J, Chittaro Y, Birrer S, Praz C, Wermeille E, Fluri M, Stalling T, Schmid S, Wyler S, Gonseth Y. A DNA barcode reference library for Swiss butterflies and forester moths as a tool for species identification, systematics and conservation. PLoS One. 2018 Dec 21;13(12):e0208639. doi: 10.1371/journal.pone.0208639. PMID: 30576327; PMCID: PMC6303096.
