Stage Mise en place d’un outil de valorisation des données du laboratoire d’hydrobiologie H/F

Type d’offre : Stage
Localisation : Seine-Maritime (76)
Recruteur : Office français de la biodiversité (OFB)
Niveau : BAC+5 – Master ou Ingénieur
Limite de candidature : 06/12/2025
Début du stage : 03/12/2025 (flexible)
Stage en bio-informatique, géomatique et écologie.

Contexte

L’Office français de la biodiversité (OFB) est né le 1er janvier 2020. Cet établissement public, placé sous la tutelle des ministres chargés de l’environnement et de l’agriculture, a été créé pour protéger, gérer et restaurer la biodiversité. Il intègre les missions, les périmètres d’intervention et les 2 800 agents de l’Agence française pour la biodiversité (AFB) et de l’Office national de la chasse et de la faune sauvage (ONCFS).

Il contribue, s’agissant des milieux terrestres, aquatiques et marins, à la surveillance, la préservation, la gestion et la restauration de la biodiversité ainsi qu’à la gestion équilibrée et durable de l’eau en coordination avec la politique nationale de lutte contre le réchauffement climatique (loi n°2019-773 du 24 juillet).

Pour remplir ses missions, l’Office s’appuie sur des équipes pluridisciplinaires (inspecteurs de l’environnement, ingénieurs, vétérinaires, techniciens, personnels administratifs, etc.) réparties sur tout le territoire national. Il est organisé de façon matricielle pour prendre en compte tous les milieux, en transversalité, selon une articulation à trois niveaux :

• une échelle nationale où se définissent et se pilotent la politique et la stratégie de l’OFB (directions et délégations nationales),
• une échelle régionale où s’exercent la coordination et la déclinaison territoriale (directions régionales),
• des échelons départementaux et locaux, de mise en œuvre opérationnelle et spécifique (services départementaux, antennes de façade, parcs naturels marins, etc.).

La direction régionale Normandie de l’OFB comprend :

• 4 services régionaux : service administratif, service connaissance, service police, service appui aux acteurs et mobilisation des territoires,
• Une délégation de façade maritime Manche – Mer du Nord,
• Une unité spécialisée migrateurs amphihalins,
•  5 services départementaux.

Elle est implantée sur 13 sites et regroupe une centaine d’agents.

Objet du stage hydrobiologie

En tant qu’opérateur de la production de données sur l’état des ressources en eau et des milieux aquatiques, notamment dans le cadre de la mise en œuvre de la Directive Cadre sur l’Eau (DCE), l’OFB intervient en métropole dans le champ de l’hydrobiologie.

Il met en œuvre annuellement les protocoles alimentant la production de bio-indicateurs sur les compartiments poissons, macro-invertébrés, diatomées et macrophytes. Des prestataires, pour lesquels l’OFB valide les livrables techniques, y concourent également. Les données ainsi produites contribuent à réaliser l’évaluation de l’état des masses d’eau tous les 6 ans par les bassins (Seine Normandie et Loire Bretagne pour la région Normandie).

Dans le cadre de la DCE, des réseaux ont été initiés depuis la seconde moitié des années 2000. Certaines stations, suivies historiquement à d’autres titres, bénéficient également de chroniques antérieures. Les fréquences de suivi dépendent des paramètres suivis et des réseaux.

Ce stage en hydrobiologie aura pour objectif principal le développement d’un outil de visualisation des données produites dans le cadre de la DCE pour faciliter leur utilisation dans les missions du laboratoire en respectant les principes de reproductibilité et d’ouverture du code.

Missions principales

• Réaliser une revue des besoins en visualisation de données hydrobiologiques du laboratoire de la DR Normandie, ainsi qu’un état des lieux des outils déjà existants dans les différents laboratoires OFB à l’échelle nationale.
• Rassembler et appréhender les données et informations utiles disponibles au sein de l’OFB, des Agences de l’Eau et du portail EauFrance pour leur utilisation dans le futur outil.
• Proposer un plan de développement de l’outil de visualisation des données et le développer en lien avec les techniciens hydrobiologistes et la cheffe du laboratoire.
•  Rédiger une notice d’utilisation et de mise à jour des données.

Ce travail s’effectuera sous la direction du Service régional connaissance ; l’encadrement sera assuré par la cheffe du laboratoire d’hydrobiologie.

Profil recherché

Bac +5 (université, école d’ingénieur) avec spécialité en lien avec le stage :

• (bio-) informatique ;
• sciences des données ;
• géomatique spécialisée en système d’informatique géographique,
• écologie avec un axe majeur sur le traitement de la donnée.

Des profils atypiques pourront également être considérés dès lors que des compétences en matière d’ingénierie de la donnée sont présentes.

Compétences et qualités requises

Connaissances :

• Connaissances avancées du langage R.
• Des connaissances en analyses de données utilisées en écologie seraient un plus.

Savoir-faire opérationnel :

• Bonne maitrise du logiciel R (Shiny, Rmarkdown, ggplot2…).
• Bonne connaissance du SIG et des outils de traitement de données géoréférencées (QGis)
•  Bonne qualité rédactionnelle

Savoir-être professionnel :

• Curiosité
• Force de proposition et esprit d’initiative
• Autonomie et sens de l’organisation
• Rigueur et méthode
• Bon sens de la communication

Autres :

• Permis B
• Déplacements ponctuels
• Début de stage envisagé : 01/02/2026 (flexible)

Déposer une candidature

La date limite de dépôt des candidatures est fixée au 06/12/2025
Référence de cette offre de stage hydrobiologie à l’OFB Normandie : OE-171125-1