Stage Analyse paysagère et résistance virale chez le carpocapse des pommes H/F

Stage INRAE – Master 2 ou ingénieur agronome

Sujet du stage : Analyse des déterminants paysagers de la dynamique spatio-temporelle des résistances au virus de la granulose chez Cydia pomonella
Laboratoire Plantes et Systèmes de culture Horticoles – INRAE Avignon
Date limite de candidature : 31/10/2025 

Contexte du stage

Protéger les cultures en minimisant le recours aux produits phytopharmaceutiques nécessite le déploiement de solutions alternatives.

Parmi les approches de biocontrôle, l’utilisation d’agents pathogènes spécifiques aux ravageurs représente une stratégie prometteuse et respectueuse de l’environnement. Toutefois, comme les insecticides de synthèse, ces agents pathogènes d’insectes sont confrontés à l’émergence de résistances chez leurs hôtes cibles (Mangan et al., 2023). Par exemple, le virus de la granulose (CpGV), pilier de la lutte contre le carpocapse des pommes et des poires, Cydia pomonella, fait face à l’évolution et la propagation de résistances, représentant un défi majeur pour l’arboriculture (Olivares et al., 2023). Connaitre la distribution de ces résistances et pouvoir prédire leur diffusion est important pour informer les stratégies de gestion (e.g. Baltzegar et al., 2021).

Dans ce contexte, les approches de génomique du paysage peuvent permettre de comprendre comment les composantes de l’hétérogénéité environnementale (distribution des plantes hôtes, structure du paysage et pratiques agricoles) influencent les flux de gènes et donc la dynamique spatio-temporelle des résistances (Schoville et al., 2012 ; Fenderson et al., 2020 ; Dauphin et al. 2023).

Ce stage s’inscrit dans le cadre du projet PARSADA ASAP (Anticipation et Surveillance de l’Adaptation des bioagresseurs aux méthodes de lutte en période de diminution du nombre de substances actives Pesticides) et s’appuie sur des résultats récents ayant permis d’identifier les bases génétiques et des marqueurs moléculaires associés aux résistances de C. pomonella au CpGV (e.g. Olivarès et al., 2023; Gingueneau et al., in prep). Depuis 2021, nous avons échantillonné plusieurs centaines d’individus dans plus de 100 vergers à l’échelle d’un bassin de production du sud-est de la France (site atelier Basse Vallée de la Durance).

Par capture de séquences, nous avons obtenu environ 4 000 marqueurs neutres et 1 000 marqueurs putativement associés à la résistance, sur des pools d’individus (1 pool par verger). En parallèle, nous avons constitué un jeu de données à l’échelle du paysage, couvrant la distribution des vergers, l’occupation du sol et les pratiques, dont des inférences sur l’utilisation des biopesticides. L’ensemble de ces données sera mobilisé au cours du stage.
Les acquis du stage seront mobilisés dans une thèse programmée en 2026 (financement acquis).

Objectifs

L’objectif principal du stage est d’étudier les déterminants de la dynamique spatio-temporelle des résistances à l’échelle du paysage, en analysant notamment l’impact des facteurs paysagers (densité et distribution des vergers) et des pratiques agronomiques (intensité des traitements) sur la diversité génétique (neutre et adaptative) et les flux de gènes.

Démarche proposée

Ce stage vise à tester l’hypothèse que la densité et la connectivité des vergers favorisent la connectivité fonctionnelle des populations de C. pomonella et limitent leur structuration génétique neutre (patron d’isolation par la distance ou le paysage) ; tandis que l’intensité d’usage des biopesticides détermine la structuration des polymorphismes associés à la résistance.
Vous analyserez des données génomiques déjà collectées en les croisant avec des facteurs environnementaux.

Le travail s’articulera en deux étapes :

1. Analyse des marqueurs neutres : vous infèrerez la dispersion et quantifierez l’impact du paysage et de divers facteurs environnementaux (dont les traitements) sur la structuration génétique neutre, à l’aide d’outils de génétique du paysage (e.g. MAPI, Piry et al. 2016 ; Re-sistanceGA, Peterman, 2018).
2. Analyse des marqueurs de résistance : vous analyserez la dynamique spatio-temporelle de ces marqueurs et comparerez les déterminants des structures génétiques neutres et adap-tatives.

Profil recherché

Ce stage s’adresse à un(e) étudiant(e) en biologie et écologie des populations, motivé(e) par l’analyse de données génétiques spatio-temporelles et attiré(e) par le travail en équipe et les environnements collaboratifs.

La maitrise des analyses statistiques avec R studio et des compétences en géomatique (logiciel QGIS) seront fortement appréciées.

Conditions

Stage de 6 mois, idéalement à partir de Janvier/Mars 2026 (dates flexibles).
Le/la stagiaire bénéficiera de la gratification standard (environ 565 € par mois).

Lieu du stage : UR 1115 PSH (Plantes et Systèmes de culture Horticoles) – INRAE Avignon

Modalités de candidature

Référence de ce stage agronomie à Avignon : OE-211025-3
Date limite : 31 octobre 2025 mais des entretiens pourront être menés au fur et à mesure.

Références sur le sujet

◙ Fenderson, L. E., Kovach, A. I., & Llamas, B. (2020). Spatiotemporal landscape genetics: Investigating ecology and evolution through space and time. Molecular Ecology, 29(2), 218-246. https://doi.org/10.1111/mec.15315
◙ Dauphin, B., Rellstab, C., Wüest, R. O., Karger, D. N., Holderegger, R., Gugerli, F., & Manel, S. (2023). Re-thinking the environment in landscape genomics. In Trends in Ecology and Evolution (Vol. 38, Issue 3, pp. 261–274). Elsevier Ltd. https://doi.org/10.1016/j.tree.2022.10.010
◙ Mangan, R., Bussière, L. F., Polanczyk, R. A., & Tinsley, M. C. (2023). Increasing ecological heterogeneity can constrain biopesticide resistance evolution. In Trends in Ecology and Evolution (Vol. 38, Issue 7, pp. 605–614). Elsevier Ltd. https://doi.org/10.1016/j.tree.2023.01.012
◙ Olivares, J., Siegwart, M., Gautier, M., Maugin, S., Gingueneau, L., & Gauffre, B. (2023). Genetic basis of codling moth (Cydia pomonella) resistance to the original isolate of C. pomonella Granulovirus (CpGV-M). Entomologia Generalis, 43(3), 649–658. https://doi.org/10.1127/entomologia/2023/2052
◙ Peterman, W. E. (2018). ResistanceGA: An R package for the optimization of resistance surfaces using genetic algorithms. Methods in Ecology and Evolution, 9(6), 1638–1647. https://doi.org/10.1111/2041-210X.12984
◙ Piry, S., Chapuis, M.-P., Gauffre, B., Papaïx, J., Cruaud, A., & Berthier, K. (2016). Mapping Averaged Pairwise Information (MAPI): a new exploratory tool to uncover spatial structure. Methods in Ecology and Evolution. https://doi.org/10.1111/2041-210X.12616
◙ Schoville, S. D., Bonin, A., François, O., Lobreaux, S., Melodelima, C., & Manel, S. (2012). Adaptive Genetic Variation on the Landscape: Methods and Cases. Annual Review of Ecology, Evolution, and Systematics, 43(1), 120830113150004. https://doi.org/10.1146/annurev-ecolsys-110411-160248

Ressources utiles

• Découverte métiers : Agroécologue • Chef de production horticole
• Annuaire : Laboratoires de recherche en environnement