Thèse de doctorat – Chauves-souris, ADN environnemental et écotoxicologie

Type d’offre : Thèse de doctorat
Localisation : Amiens (France) et Mons (Belgique)
Recruteur : Université de Picardie Jules Verne et Université de Mons – UMR EDYSAN
Niveau : Master
Limite de candidature : 09/03/2026
Début / Période : 3 ans – Démarrage : septembre 2026 (au plus tôt)

Sujet : Les chauves-souris comme bioindicateurs des pollutions et acteurs de la régulation des insectes ravageurs et vecteurs de pathogènes dans les agroécosystèmes

Contexte et objectifs

Les agroécosystèmes européens font face à des pressions croissantes liées à l’intensification agricole, à l’homogénéisation des paysages et aux pollutions diffuses (pesticides, éléments traces métalliques). Ces pressions contribuent au déclin de la biodiversité et fragilisent les services écosystémiques essentiels, notamment la régulation naturelle des ravageurs et des vecteurs de maladies.

Les chauves-souris insectivores occupent une position clé dans ces systèmes. En tant que prédateurs nocturnes consommant de grandes quantités d’insectes, elles contribuent potentiellement au contrôle des ravageurs agricoles (ex. Lépidoptères noctuides) mais aussi d’insectes vecteurs de pathogènes affectant l’élevage et la santé humaine. Parallèlement, leur longévité, leur position élevée dans les réseaux trophiques et leur sensibilité aux perturbations environnementales font des chiroptères d’excellents bioindicateurs de l’état de santé des paysages agricoles.

Cependant, ces espèces protégées sont exposées à des cocktails de polluants par contact direct, par inhalation, et par ingestion d’eau ou de proies contaminées. Ces expositions peuvent affecter leur survie, leur reproduction et la dynamique des colonies, tout en modifiant le service de régulation qu’elles assurent. À ce jour, le lien entre structure du paysage agricole, pratiques agricoles, exposition aux polluants et efficacité fonctionnelle des chauves-souris reste encore peu quantifié à l’échelle des paysages.

Cette thèse s’inscrit dans ce contexte scientifique et sociétal, au croisement de la transition agroécologique, de la conservation de la biodiversité (Plan National d’Action Chiroptères) et de l’approche One Health (santé des écosystèmes, de la faune et des sociétés humaines). Dans un contexte de transition agroécologique, cette thèse visera à mieux comprendre le rôle des chauves-souris insectivores et ce qui les affecte dans les paysages agricoles européens.

Elle poursuivra deux objectifs principaux :

1. Caractériser le régime alimentaire des chauves-souris et quantifier le service de contrôle biologique qu’elles assurent, en lien avec la structure des paysages agricoles. Ce volet d’écologique trophique constituera le cœur de la thèse et sera mené via l’analyse génétique non invasive de guano (métabarcoding sur des échantillons d’ADN environnemental dégradé) collecté au sein de colonies.
2. A partir des mêmes échantillons de guano, caractériser l’exposition des chauves-souris à des cocktails de polluants environnementaux (pesticides, éléments traces métalliques). Les dosages de polluants seront réalisé par un laboratoire de recherche partenaire, et le/la doctorant.e en analysera les variations en lien avec le régime alimentaire des chauves-souris, les pratiques agricoles et la structure du paysage

Le projet mobilisera des approches intégrées en écologie fonctionnelle, écotoxicologie et écologie du paysage, et s’inscrira dans plusieurs projets structurants régionaux et européens (dont un projet Interreg France-Wallonie-Flandre).

Financement de la thèse

Le financement de la thèse repose sur un montage de co-financements actuellement en cours d’acquisition. Plusieurs sources sont envisagées (ADEME, Région Hauts-de-France, UMONS, Ecole Doctorale STS de l’U. Picardie Jules Verne), sans que celles-ci ne soient, à ce stade, définitivement acquises.
Dans le cas de l’obtention d’une bourse de thèse UMons, le/la candidat.e s’engager à déposer une candidature FRIA / FNRS (bourses de thèses belges) dans l’année qui suit l’octroi de la bourse (sauf exception dûment justifiée).

Le fonctionnement de la thèse est néanmoins acquis dans sa totalité, et sera adossé aux projets financés AgroBat 1 & 2 (Fonds vert), SexPrint (FEADER Hauts-de-France et Région Normandie) et TransAgroBat (Interreg FWVL).

Encadrement et environnement

La thèse sera établie dans le cadre d’une cotutelle internationale entre l’Université de Picardie Jules Verne (UPJV, France) et l’Université de Mons (UMONS, Belgique) offrant une double diplomation.
Les unités d’accueil seront l’UMR CNRS-UPJV EDYSAN à Amiens et le laboratoire d’Écologie des Interactions et Changements Globaux à Mons.
Le/La doctorant·e aura accès à un plateau technique dédié à l’ADN environnemental dégradé.

Adossée au projet européen TransAgroBat, la thèse s’appuie sur un réseau transfrontalier franco-belge structuré associant universités, organismes de recherche et de sécurité sanitaire, structures naturalistes et acteurs du conseil agricole. Ce cadre garantit un accompagnement scientifique étroit, fondé sur la complémentarité des expertises, un accès sécurisé aux données et outils de pointe, ainsi qu’une formation interdisciplinaire ouvrant sur de réelles opportunités d’insertion professionnelle dans la recherche, l’expertise environnementale et l’action publique.

Profil recherché

• Master (ou diplôme équivalent) en écologie, biologie, environnement, agroécologie ou disciplines proches.
• Intérêt marqué pour les approches de laboratoire et de terrain, et pour l’écologie fonctionnelle, les interactions trophiques.
• Une expérience pratique avérée en biologie moléculaire est requise, idéalement acquise lors d’un stage de M1 et/ou de M2.
• Connaissances des bonnes pratiques de laboratoire (et idéalement compétences) pour le traitement d’échantillons environnementaux d’ADN dégradé en métabarcoding.
• Compétences (ou forte motivation à se former) en bioinformatique, écotoxicologie et analyses spatiales.
• De solides bases en analyses statistiques.
• Rigueur, autonomie, bonnes capacités de communication et à à travailler en réseau international.

Conditions spécifiques

Le/La candidat·e doit impérativement répondre aux critères d’éligibilité suivants liés au cofinancement de la thèse :

• Avoir obtenu ≥ 70 % de moyenne en licence (bachelier) ET en master, ou être classé·e dans le top 25 % de sa promotion (preuve officielle requise)
• Être diplômé·e d’un Master ou sera diplômé·e en 2026

Candidatures closes.

• L’UMR EDYSAN propose également une Thèse de doctorat en écologie forestière (mars 2026).
• Recrutements dans la recherche environnementale